公司股权分配方案如何设计员工持股平台？博思诚股权激励咨询机构公司认为企业在设计员工持股平台一般采用有限合伙企业的方式，有限合伙企业的员工持股平台有如下优势：从上市公司控股股东角度，员工持股平台合伙企业法较灵活，可以通过合伙协议进行约定，便于公司股权分配方案员工股份的动态管理;更有利于进行股份管理(合伙企业减持后个人才能减持);公司需要股东做决策时操作更简便，公司股权分配方案大多数决议只需要普通合伙人做出即可;在上市之前还可规避因员工流动对公司层面的股权结构进行调整，可以通过较少的出资获得合伙企业的控制权。
从税务角度，根据《财政部税务总局关于合伙企业合伙人所得税问题的通知》（财税[2008]159号）和财政部、国家税务总局关于印发《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》的通知（财税[2000]91号）的规定，合伙企业取得所得采取“先分后税”的原则，法人合伙人回法人注册地缴纳企业所得税；自然人合伙人在合伙企业注册地缴纳个人所得税。公司股权分配方案的股权投资类的有限合伙企业取得的所得来源于两方面：股息红利所得和股权转让溢价所得（包括限售股转让）。
同时，公司股权激励方案员工持股平台也便于税收筹划:利用员工持股计划方案有限合伙企业间接持有本公司股份，与公司制持股平台相比，便于税收筹划。从综合纳税角度来看，有限合伙企业无需缴纳企业所得税，采取“先分后缴”方式，确定合伙人是纳税主体。而公司制持股平台双重纳税的综合税率40%。公司股权分配方案设计员工持股平台在转让限售股方面，合伙企业转让限售股时，自然人合伙人个人所得税税率为5%~35%的累进税率。一些地方政府为鼓励本地区股权投资类合伙企业，在税收方面进一步让利。
在缴纳股息红利所得税方面，结合《个人所得税法》的规定，自然人通过合伙企业持股时，从上市公司取得的股息红利的个人所得税率为20%。有限合伙持股平台在设立门槛、税收筹划以及平台管理等方面具有较强优势。不过，设立有限合伙持股平台，需要重点注意并解决合伙人身份安排、设立地点、设立时间以及有限合伙人退出途径等实际具体法律问题。
